Hier können Ebenen hinzugefügt, gelöscht oder kopiert (doppelte Ebene) werden.

Der Befehlt Ebene nach unten zusammenführen arbeitet schrittweise.

Bei Aus Datei importieren können auch mehrere Ebenen auf einmal importiert werden, wenn in der zu importierenden Datei mehr als eine Ebene vorhanden ist.

Ferner kann eine eine einzelne Ebene horizontal oder vertikal gekippt werden.

Der Rotationszoom verändert auch eine einzelnen Ebene. Dabei kann die Drehung faktisch Dreidimension erfolgen. Das zu drehende Objekt kann außerdem in der Größe verändert bzw. gekachelt werden.

Mit den Layereigenschaften können Name, Sichtbarkeit und die Blendingeigenschaften einer Ebene verändert werden.

Das Menü Ebenen ist in der Paint.Net Version 4.3.x deutlich verändert:

Man findet hier jetzt verschiedene Befehle, um zwischen Ebenen schnell hin und her zu springen bzw. Ebenen schnell zu bewegen. Im Grund sind diese Befehle aber nicht wirklich neu. Man konnte die entsprechenden Arbeitsschritt zumeist über das Ebenen-Fenster durchführen. In einigen Fällen waren dabei mehrere Schritte erforderlich.

Teilweise ist die deutsche Bezeichnung jetzt konsistenter. So wurde zum Beispiel aus Layer-Eigenschaften jetzt Ebenen-Eigenschaften. Allerdings gibt es immer noch Layer -Sichtbarkeit umschalten.